明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて5年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった―――!!
五稜郭にて始まった剣心一行VS劍客兵器。
今まさにトドメを刺されようとする元十本刀・張を救ったのは無限刃を振るう明日郎だった。目の前に現れた、かつての頭目の愛刀に驚愕する鎌足と張。
そんな中、剣心と宗次郎が再度凍座への攻撃を試みるが、やはり刃が通らずはじき返されてしまう。
剣心は、宗次郎の考察も手伝い、凍座の戦型・不動凍奴(フドウトウド)が、劍客兵器の使う「赫力」による血流を使った筋力強化を完全なる制止に使うことで人肌の範疇を超えた氷塊レベルの冷気を纏った堅牢な身体と化す技であることを看破する。
自らの技の仕組みを看破されてなお、嗤う凍座。彼にとっては、多種多様な猛者と、その闘姿を視られてかつ、己の技で、この時代の最強格二人相手に互角以上に闘えるこの状況を、手にした強さを実感できるこの瞬間を、心の底から愉しく感じているようで―――!?