
人間の住む物質界<アッシャー>と悪魔の住む虚無界<ゲヘナ>。本来は干渉することすらできない二つの次元だが、悪魔はあらゆる物質に憑依し、物質界に干渉していた。しかし人間の中には、そんな悪魔を祓う——祓魔師<エクソシスト>が存在していた。燐の父、藤本も優秀な祓魔師だったが、燐を狙ったサタンに憑依され、命を落としてしまう。サタンの血を引く燐は人類の脅威。死を要求される燐だったが、彼は父親と同じ祓魔師として戦う道を選ぶ——!
一時は受肉したサタンだが祓魔師との戦いに敗れ肉体は崩壊。しかし暴走したサタンの心臓が巨大な城塞を形成し、地球そのものと融合を開始。中心の心臓の破壊、もしくは封印をしなければ人類に明日は無い中、祓魔師たちは協力し道を拓き、ついに燐たちをサタンの心臓がある城塞の中心へ送り届ける。
サタンの心臓を目前にするも、現れた妨害への対処で燐と雪男はサタンの心臓封印に欠かせないしえみを先に送る。そして、アーサーはイルミナティの思惑の上とも知らず、ルシフェルとの一騎討ちを開始していた。
いよいよサタンの心臓にたどり着いたしえみたち。創造神(シェミハザ)の力でサタンの心臓をふたたび封印する作戦を準備。本来はアマイモンの協力の上で成される封印だが、今回はメフィストフェレスの時間操作で、封印の要となる「結晶の新芽(かけら)」を封印可能なレベルまで成育するという。
封印の儀を始めるしえみたち。しかしサタンの心臓は黙って封印を受け入れるはずもなく、抵抗し、攻撃を仕掛けてきた。しえみとメフィストフェレスは術に集中して無防備にーーそこに身を挺し盾となったのはしえみの使い魔・ニーちゃんだった。心臓が放つ力任せの炎熱を受け、体が崩壊するニーちゃん…しえみの慟哭が響く中、ニーちゃんが稼いだ時間で詠唱を終えた出雲が“籠目の護り”を発動。しかし、それも長くはもたない…そんな時しえみが思ったのは、アマイモンを力づくで言いなりにしようとしたことへの後悔だった。
迷いを見せたしえみに出雲は、思う通りにやってみたらいいと背中を押す。
意を決したしえみは、かつてシェミハザが封じた力の全てをアマイモンに返す、代わりに力を貸して欲しいと宣言。しかし何も起こらず出雲の護りが限界を迎えるが、間一髪、燐が到着してサタンの攻撃を退ける。
…そこへ突如巨大な結晶が現れる。その上には、アマイモンの姿が―――!?