
世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
「真実の種」を飲み、命をかけて記憶を取り戻したアレンに応え、命をかけて彼の体内にあった毒の浄化をしてくれたルシア。アレンが目を覚ますと彼女に「至急助けていただきたい方がいる」と急かされ、すぐにズーグル古書店の屋上にあるネアによって開かれた秘密の方舟ゲートでキャンベル邸へ向かうことに。
クロスから告げられていた「アレン・ウォーカーの消える場所」に、ようやく辿り着いたアレン達。防衛装置の守人(ガーディアン)から乱暴な挨拶を受けるも、実はその守人はティムキャンピーの兄弟でキャンベル家当主達によって造られたことを知る。さらにクロスの本当の名前は「サイラス=ヴァン=キャンベル」といい、ネアとマナの家族だったことをルシアから聞かされて…。一方、キャンベル邸内には病床に伏したラビの姿があり…!?