明治十六年。剣心が不殺を誓った流浪人として東京に流れ着いて5年。神谷道場に、剣心の宿敵・志々雄の遺刀「無限刃」を継ぐ青年・明日郎と、白人との混血児・阿爛、更に謎の女・旭を道場に迎え、かくも平穏な日々を過ごしていた。
そんな中、西南戦争で死んだはずの薫の父・越路郎が北海道・函館で生きていることが判明。剣心と薫は越路郎を迎えに函館に行く事を決める。しかし、剣心たちを北の地で待っていたのは、日本中の“猛者”を集め、時には戦乱を故意に引き起こすことで“実戦経験”を積ませ、外国勢力に対する戦力増強を掲げる「劍客兵器」たちとの戦いであった―――!!
五稜郭にて始まった剣心一行VS劍客兵器。相容れぬ剣心と氷座が再び激突せんとするところへ割って入ったのは劍客兵器部隊将の筆頭・覇號(ハゴウ)寒郷豪人(カンザト ゴウト)であった。
寒郷は、剣心が闘ったことで劍客兵器の脅威度が正しく示されたため、明治政府の責任者たる山県有朋との“直接交渉”が叶ったと言う。
劍客兵器の政府への要求は“御恩と奉公”。北海道を劍客兵器の“所領”と認める代わりその戦力を余すことなく政府に献上するということだった。しかし政府…山県はその要求を一切認めず、劍客兵器には降伏し軍の指揮下へ編入する以外の選択は与えないとした。
交渉は決裂し、寒郷は全劍客兵器に一時撤退を号令。実検戦闘は終了し、次に姿を現すのは総力戦の時だと宣告した。
そこへ待ったをかけたのは明日郎だった。このまま最後までやろうと息巻く明日郎の前に立ったのは闇乃武の佐古…武器を抜き合う二人だが、無限刃の力を引き出しきれないばかりか体が追い付かなかった明日郎は負傷し窮地に立たされる。
明日郎を救うべく龍巻閃・旋を放ち佐古を弾く剣心だったが、そのタイミングで兼ねてより予期されていた飛天御剣流を撃てなくなる身体の限界が訪れ、吐血。
その場に崩れる剣心をすんでのところで支えたのは、本土から駆け付けた隠密御庭番衆御頭・四乃森蒼紫で――――!?