
世界の終焉を目論む千年伯爵とノアの一族。彼等は人間の魂を閉じ込め完成する悪性兵器「AKUMA」を造りだし、世界の駆逐を始める。人類はノアに対抗するため、神の力・イノセンスを行使する「エクソシスト」を集めた組織「黒の教団」を設立し、永きに渡り戦い続けてきた。
家族をAKUMAに奪われ、教団のエクソシストとして戦ってきたアレン・ウォーカーもまたその1人。しかし、彼の体内には14番目のノア「ネア」の人格が宿されていたことが判明する。やがてアレンの人格を蝕み、覚醒してしまうネア。教団からも敵と見なされたアレンは、一人その運命と向き合いながら、戦いに身を投じていく。
約8年の時が過ぎ、膠着状態だったイノセンスから幼くなった姿のアレンだけが戻ってきたのを確認したアポクリフォス。彼がネアとブックマンJr.の命を含んだことで量り知れない螺旋エネルギーを抱えていることに気づき、思わず震えてしまって…。
アレンの螺旋エネルギーをハートのお方に捧げることができれば、復活を早く成し遂げられると考えたアポクリフォス。彼の螺旋エネルギーを左腕に取り憑いたイノセンスを介して捧げるために、アレンを最高の贄として作り上げることを決意する。さらに強大な螺旋エネルギーにするため、アポクリフォスの手によって全てを忘れ、みすぼらしい孤児に生まれ変わり、サーカスに売られたアレン。大きな苦しみを強いられながらも、生き続ける彼の物語が始まって――。